EC-CUBE3.0.14以降では、商品マスターからダウンロードしたCSVデータを編集してもそのままではCSVのフォーマットが異なる為、アップロードは出来ません。
表は、左側が商品CSV登録メニューの「雛形ファイルダウンロード」のCSVデータ項目で、右側が商品マスターで登録済商品をCSVダウンロードした項目の比較です。
CSVのアップロードが出来るのは、左の項目並びのCSVフォーマットですので、右側の商品CSVをダウンロードしたままのものを編集しただけではそのままアップロードは出来ません。
管理メニューの「設定＞基本情報設定＞CSV出力項目設定」で、左の雛形フォーマットと同じ項目のみを出力するように設定すれば良いのですが、残念ながら商品のCSV出力項目の中には、「商品削除フラグ」と「商品規格削除フラグ」の項目がありませんので、出力したままのCSVデータを編集しただけではそのCSVデータをアップロードする事が出来ません。
「商品削除フラグ」と「商品規格削除フラグ」の項目を手で追加する必要があります。
その他、管理画面上のCSVフォーマット項目説明では、画像ファイル名はカンマ区切りで「”」（ダブルコーテーション）で囲む。とありますが、「”」（ダブルコーテーション）で囲むと画像が紐づかないと思いますので、そのままファイル名のみをカンマ区切りで入力します。